A proposta pedagógica da Bem Querer baseia-se na teoria sociointeracionista, na qual o aluno é levado a observar, pensar, questionar, trabalhar e construir seus próprios conceitos, tornando-se participativo, crítico e atuante no meio social em que vive. Na Bem Querer, o conhecimento é construído pelo aluno nas relações interpessoais, sob orientação dos professores.

Com base na filosofia humanista moderna, a Bem Querer busca valorizar o aluno diante de suas potencialidades, com iniciativas para proporcionar ações educativas e sociais que permitam ao aluno participar da construção do conhecimento, adquirindo responsabilidade e constante integração social por meio de atividades, campanhas, feiras e projetos. A escola promove a formação integral e estimula a criatividade, liberdade e mobilização social, além de preparar cada educando para a vida e exercício de cidadania.